שעון ביולוגי הוא מנגנון פנימי של אורגניזם המשמש אותו למדידת זמן, וזאת לצורך ניהול תהליכים פיזיולוגיים והתנהגותיים שמתרחשים באופן מחזורי. מחזורים אלה מכונים מקצבים ביולוגיים, והם קיימים במרבית היצורים החיים, כולל בעלי חיים, צמחים, פטריות ואף מינים מסוימים של חיידקים.